A cor de uma amostra de água está associada ao grau de redução de intensidade que a luz sofre ao atravessá-la (e esta redução dá-se por absorção de parte da radiação eletromagnética), devido à presença de sólidos dissolvidos, principalmente material em estado coloidal orgânico e inorgânico. Dentre os colóides orgânicos pode-se mencionar os ácidos húmico e fúlvico, substâncias naturais resultantes da decomposição parcial de compostos orgânicos presentes em folhas, dentre outros substratos.

Como origem antropogênica a cor pode advir dos esgotos sanitários, além de diversos efluentes industriais contendo taninos (efluentes de curtumes, por exemplo), anilinas (efluentes de indústrias têxteis, indústrias de pigmentos, etc.), lignina e celulose (efluentes de indústrias de celulose e papel, da madeira, etc.). Os óxidos de ferro e manganês também podem provocar coloração nas águas.

Um aspecto importante diz respeito à cloração da água contendo a matéria orgânica dissolvida responsável pela cor, que pode gerar produtos potencialmente cancerígenos (trihalometanos).

É importante distinguir a cor aparente da cor verdadeira. Na cor aparente ou real pode estar incluída uma parcela devida à turbidez da água. Enquanto para se obter a cor verdadeira deve-se remover a turbidez por centrifugação, filtração ou sedimentação.