A comunidade fitoplanctônica pode ser utilizada como parâmetro de avaliação para qualidade da água e dimensão de impactos ambientais. Esta comunidade é a base da cadeia alimentar aquática, e por esse motivo é regente da produtividade dos elos seguintes da cadeia. Dentro desta comunidade estão as cianobactérias, que são microorganismos procarióticos autotróficos, também denominados como cianofíceas (algas azuis) capazes de ocorrer em qualquer manancial superficial especialmente naqueles com elevados níveis de nutrientes (nitrogênio e fósforo), podendo produzir toxinas com efeitos adversos à saúde, e cuja ocorrência em grande número está relacionada à mortandade de animais.